Fundado en 1999 bajo los auspicios del H. Ayuntamiento Municipal de Cuajinicuilapa, el gobierno del Estado de Guerrero y el programa nacional “La tercera raíz”, el Museo muestra algunos aspectos de la historia y la cultura de los afromexicanos, partiendo de la ruta del esclavo y la trata negrera, su presencia y aportaciones a la economía colonial; la africanía en México y algunos afrodescendientes destacados; la presencia histórica del negro en Guerrero; el cimarronaje y los palenques;y con reproducciones de imágenes cotidianas, códices y de las castas, muestras de vestuarios, instrumentos y adornos de danzas y bailes, hasta una extensa muestra fotográfica de los habitantes de la Costa Chica, donde puede observarse su pluralidad étnica.
El objetivo central del Museo es destacar y difundir la importancia de la presencia africana en la cultura nacional de México como un factor determinante en la conformación social del país.
Aunque la construcción del Museo haya sido posible por la participación de las tres esferas de gobierno (federal, estatal y municipal), personas como Andrés Manzano Añorve, Ángel Aguirre Rivero, Luz María Martínez Montiel y José Antonio Mc Gregor fueron decisivas para su fundación y funcionamiento.
La administración del Museo se encuentra en manos de la sociedad civil, a través de MUSCOM Cuijla, A. C. El espacio del Museo incluye la biblioteca municipal, la casa de la cultura municipal y algunas áreas para exposiciones y presentaciones.
Desde sus fundación se pensó en el Museo en sentido original del término: un lugar para el aprendizaje, desarrollo, instrucción y educación de los niños, jóvenes y adultos. En consecuencia, en la casa de la cultura se impartieron talleres de música, pintura, ajedrez, danza, entre otros; se habilitó la biblioteca para dar atención al público; se realizaron actividades culturales diversas y, sobre todo, se dio énfasis al festival de diablos, donde se reunen grupos de baile de los diablos de Cuaji, Cerro de las Tablas, El Quizás, Collantes, La Estancia, El Ciruelo y otras comunidades de Guerrero y Oaxaca.
En la actualidad, el Ayuntamiento Municipal apoya con el pago de personal del Museo e iniciará en breve los trabajos de reparación y mantenimiento del inmueble.

El Museo se encuentra frente al palacio municipal de Cuajinicuilapa; se abre al público desde las 10:00 y se cierra a las 18:00. El lunes permanece cerrado.
