La historia comienza un 23 de febrero en la que el Jesus of Suburbia (Jesús de los suburbios), un joven americano medio, está harto de ver por los medios, la manipulación que sufre en la televisión, sobre las mentiras que cuenta la administracion Bush sobre la Guerra de Iraq, la visión esterotipada de su país que se ve en el mundo, por culpa de un presidente pueblerino y que crea histeria colectiva entre la población que le sigue, no sintiéndose un idiota americano ni tampoco la parte "amariconada" de América. (1.American Idiot)
Jesus de Suburbia vive con su madre divorciada y su novio Brad en un barrio ficticio llamado "Jingletown, USA". Su niñez la pasó "en una estricta dieta de gaseosa y Ritalin", viendo la televisión, y experimentando con drogas ajenas (2 - I. Jesus of Suburbia).
Durante el mes de marzo, desilusionado con su vida en Jingletown, piensa que ese no es su lugar (2 - II. City of the Damned), se siente rechazado y traicionado por sus hipócritas "amigos de siempre" (III. I Don't Care) y el efecto que ello produce en su mente, yendo incluso a terapia para llenar su vacío espiritual (2 - IV. Dearly Beloved), Jesus decide huir de su barrio y cambiarlo por "La Ciudad" (2 - V. Tales of Another Broken Home).
Jesús llega a "La Ciudad" el1 de abril, teniendo que dormir en la calle durante un día lluvioso y viviendo la realidad de la gente que, como él, no cree en la verdad que les venden en la televisión y la represión que los medios de seguridad hacen sobre ellos. (3.Holiday)
Durante un mes, Jesus se siente solo a pesar del bullicio de "La Ciudad", donde deambula por las noches, por las calles vacías, en busca de una alma gemela, alguien con quien hablar (4. Boulevard of Broken Dreams, 5. Are We The Waiting), así que decide dar un cambio radical a su personalidad. Así, adopta una nueva imagen, "St. Jimmy" (7 de mayo), y un estilo de vida, la de un impredecible, rebelde y violento criminal: Saint Jimmy (6. St. Jimmy). La soledad y la falta de medios, le hace buscarse la vida mangando en supermercados y siendo descubierto más de una vez, debiendo pagar horas de servicio a la comunidad. Estos enfrentamientos le hacen endurecerse (Shoplifter, single).
Durante los meses siguientes, se vuelve adicto y fabrica drogas (7. Give Me Novacaine).
En las fiestas de la Independencia de los EEUU, (4 de junio) Jimmy conoce a una chica sin nombre a la que le llaman, la vieja Whatsername (Comosellama?), una chica que le fascinó a primera vista, una auténtica rebelde, no alguien fingiendo ser alguien que no es realmente (8. She's a Rebel), y empiezan a salir juntos. Actuando como "St. Jimmy", se enamora totalmente de ella, pero es incapaz de darle lo que realmente necesita debido a su propia inseguridad, aunque ella resulta ser muy sensible, y resulta ser igual que Jimmy, una imagen que vender, siendo muy diferentes de lo que son en realidad (9. Extraordinary Girl).
Viven del desempleo, aunque ella se harta de la vida que llevan, en una carta para Jesus/Jimmy, Whatsername expresa la frustración que éste la causa, y le cuenta que lo abandona (un 18 de agosto), a él y a "La Ciudad" antes de que esto le destruya (10. Letterbomb).
Con el corazón hecho pedazos, Jesus cae un oscuro periodo de depresión (11. Wake Me Up When September Ends), y entonces decide abandonar la identidad de St. Jimmy, fingiendo un suicido en la bahía, un 11 de octubre (12 - I. The Death of St. Jimmy).
Tras ello, Jesus de emborracha para olvidar las penas, y acaba preso en la comisaría de la calle East 12th Street" donde está encerrado y pide a gritos que le liberen, allí en la celda se da cuenta de que esa "mierda" de vida, no estaba hecha para él, (12 - II. East 12th St.). Tras una noche de insomio delante de la tele, con la esperanza de que Whatsername vuelva, se da cuenta de que nadie en "La Ciudad" le soporta y todos sus amigos le abandonaron, mientras él todavía le da vueltas a la mente, preguntandose dónde estará Whatsername (12 - III. Nobody Likes You). Tras una postal de su amiga Tunny, en la que le cuenta que ha triunfado en la vida (12 - IV. Rock and Roll Girlfriend), le entró nostalgia y decidió volver a Jingletown para huir de su vida en "La Ciudad" y volver al que es realmente es su hogar (12 - V. We' re Coming Home Again).
El1 de enero del año siguiente, aún pensaba en Whatsername, pero decide superarla quemando todas sus fotos y hacerse a la idea de que ella no volverá, aunque sigue imaginándose como hubiera sido la vida de ambos si se hubiese quedado con ella. Cree que se pudo casar con "el viejo Whatshisface", pero se da cuenta de que aunque no la podrá olvidar, los arrepentimientos son inútiles, y que no podrá volver atrás (13. Whatsername).
CURIOSIDADS
Aunque la mayoría de la historia está sacada de la cabeza de Billie Joe, muchas de las partes están basadas en la vida real.
Jingletown, USA es un barrio verídico de Oakland, California, ciudad, de donde estos son originarios. Es un barrio de mayoría latina, su nombre viene del siglo pasado: su población trabajaba en un molino de algodón y al jornal; cuando cobraban se daban golpes en los bolsillos para hacer sonar el dinero como muestra de orgullo, a esto se le dice en inglés to Jingle.
"La Ciudad", ("The City") es como se le conoce a Nueva York, en Estados Unidos, aunque parece identificarse más con San Francisco, al tener una bahía (donde Jimmy se voló los sesos), la cual no está demasiado lejos de Jingletown, USA. De todas formas se basaron en ellas, y no tiene por qué coincidir con la realidad al ser estas ficticias.
East 12th St. existe en verdad en Oakland y es donde Billie Joe Armstrong estuvo encarcelado cuando le detuvieron por conducir borracho su BMW a gran velocidad. Los gritos de esta canción se reflejan totalmente en la escena estando encerrado borracho en una celda pidiendo que le suelten.
Según Green Day, la historia es de libre interpretación, y según ellos, Jesus podía haber acabado en un psiquiátrico al final de la historia.
La mano blanca sujetando un corazón-granada de la portada es la mano de Jesus of Suburbia (JOS), ya que en She's a rebel la letra dice que: ella (Whatsername), me agarra el corazón como si fuera una granada de mano (handgrenade). La sangre en la mano de Jesus, concuerda con el video, en el que JOS escribe St.Jimmy en la pared de un baño público, luego se hace un corte con una cuchilla en la mano y deja una mancha de sangre en el baño.
