A pesar de tener ya un largo trecho recorrido, Pearl Jam aún en el presente puede jactarse de ser innovador y diferente. Ya desde 2005 habían comenzado a dar indicios de un nuevo cambio, al comentar que la disquera Epic Records (Sello perteneciente a Sony Music Entertainment) ya no cubría completamente sus expectativas. Es por esto que en febrero de 2006 anuncian su salida de este sello para pasar a las filas de J Records., sin embargo, a partir de ese momento toman el control de todo lo relacionado con su música y comienzan a darle un auge cada vez mayor a la distribución de su música a través de Internet.

Ya para 2006 la expectativa de un nuevo álbum era enorme, así que para comenzar a preparar el terreno, el 24 de febrero lanzan a través de internet una muestra de 15 segundos del que sería su nuevo sencillo World Wide Suicide, además de que el lanzamiento de éste sencillo se hace completamente a través de internet el 6 de marzo. World Wide Suicide se convertiría en un hito ya que se convertiría en el primer sencillo lanzado por este medio que alcanzó un lugar muy alto en las listas de popularidad.

La salida a la venta del nuevo álbum, que se titularía sencillamente Pearl Jam, es anunciada para el 2 de mayo, sin embargo, el disco completo es filtrado y distribuido a través de internet desde el 7 de abril de manera ilegal. A pesar de todo, sus planes siguen adelante, y el disco es estrenado en concierto en un pequeño show en el Teatro Astoria de Londres, el 20 de Abril, dando también inicio con esto a una gira que los embarcaría durante todo el año a través de Estados Unidos, Europa, y Australia.

El nuevo disco también recibe mucha más promoción en medios de lo que sus anteriores lanzamientos. Además de aparecer en los ya muy conocidos programas como "Saturday Night Live" o "The Late Show con David Letterman", acceden a aparecer el 1 de Julio en el show de VH1 "Storytellers"; al mismo tiempo Eddie Vedder apareció después de mucho tiempo en la portada de Junio de 2006 de la revista Rolling Stone. De la misma forma, como ya se ha hecho una tradición, se anuncia la venta de sus conciertos en formato digital, con la novedad de que se incluiría el formato flac, además del mp3.

A mediados de 2006 Pearl Jam realiza una gira por Europa por primera vez en 6 años, donde sorpresivamente son anunciados para participar en los festivales de Leeds y Reading (desde la tragedia de Roskilde se habían negado a participar en eventos masivos). La gira de 2006 finalizaría con una serie de conciertos en Australia y Hawaii, donde participarían como abridores de un concierto de la banda U2.

Durante 2007 graban un cover de la canción Love Reign O'er Me, original de The Who para la película Reign Over Me, dirigida por Mike Binder. Además, han anunciado una nueva gira por Europa para mediados de año.