En 1.864 retornó de Europa el Presbítero Millán tan afectado de tuberculosis que el Obispo Aguirre le prohibió que confesara por temor al contagio, exceptuando de esa disposición a algunas mujeres retiradas y reputadas por santas como Mercedes y Narcisa.

El 65 figuró entre las socias fundadoras de la "Asociación Hijas de María" que celebraban reuniones bajo la dirección espiritual de los Jesuítas en la Iglesia de la Concepción de Ciudavieja.

Para enero del 67 la enfermedad del Presbítero Millán hizo crisis con vómitos de sangre y lo abligó a guardar cama. Los médicos le aconsejaron un viaje a la sierra a ver si mejoraba y como hacía muchos años que residía en Cuenca su tío Antonio Millán y Gracia, decidió visitarlo acompañado de Narcisa que le serviría de enfermera. Durante esa estadía en Cuenca que duró algunos meses, concurrió al Monasterio del Carmen donde ya era monja su amiga Virginia Vergara y trató mucho a esa comunidad.

A mediados de año falleció Millán y el Obispo Remigio Estévez de Toral mandó a llamar a Narcisa para pedirle que profese en el nuevo Monasterio contemplativo que pensaba fundar "pero no hubo argumentos ni reflexiones que la convencieran" y regresó al puerto hospedándose en la Casa de las Recogidas que dirigían sus amigas Juana Marín Vda. de Molina y Mercedes de Jesús Molina en la actual calle de Víctor Manuel Rendón. La casa era un orfelinato y al mismo tiempo servía de internado para niñas abandonadas. Narcisa empezó a hacer de todo un poco, desde las humildes labores domésticas hasta la enseñanza de costura, sin abandonar sus prácticas religiosas ni los tormentos a los que sometía su cuerpo. Después de su muerte algunas de las niñas relataron los flagelos de Narcisa y hasta detalles menores como el reguero de sangre que corría por el piso.

Diariamente frecuentaba el templo de San José y en muchas ocasiones, al cerrarse las puertas de noche, quedaba en oración ante el santísimo. Su confesor, el Padre Segura, estimaba en alto grado su espiritualidad y le brindaba este tipo de facilidades. También solía visitar a su amiga Silvanía Gellibert de Negrete que había enviudado, siempre fué su amiga leal y sincera. Allí trató a Monseñor Carlos Alberto Marriott y Saavedra y hasta lo tuvo de confesor durante un corto tiempo, pero le dejó cuando observó ciertas demostraciones de cariño que existían entre ambos (2). Entonces llegó a la ciudad el franciscano Fray Pedro Gual, de paso por Guayaquil en visita a esa orden, quien le dijo "Si quieres ser santa, vete a Lima, que yo te ayudaré".

Narcisa se vio precisada a trabajar por paga para Doña Silvanía y finalmente logró reunir la cantidad necesaria como pasajera de tercera clase al Callao. Dejó en Guayaquil a su sobrina Chepita Hernández Martillo la Cruz Grande y de madera donde dormía, su ejemplar del Padre Rodríguez y una pequeña imagen del Niño Dios con la que solía hacer el pase del Niño cada navidad.

(2) Los amores de Doña Silvana con el Canónigo hicieron que Narcisa se ausente de ese hogar. De estos amores nacieron los mellizos pelrojos Pulley, a quienes se puso tal apellido por ser el del padre del Canónigo (Pooly) un inglés avencindado en Guayaquil a comienzos del siglo XIX.
En Junio de 1.868, sin tomarse el trabajo de conocer la ciudad de Lima, tal su simpleza de vida, ingresó de Seglar al Beatario de Nuestra Señora del patrocinio que las monjas dominicanas regentaban en el Paseo de las Descalzas, siempre bajo la tutela del Padre Gual, quien obtuvo de una persona rica y caritativa la suma de cuatro pesos al mes para pagarle la renta. Narcisa también contribuía al sustento cosiéndole a las monjas y pronto se hizo querer y hasta dicen que aprendió a leer en latín.

Su vida interior se intensificó grandemente al igual que sus padecimientos físicos. Usaba una corona de espinas incrustadas en la frente y disimulada por una pequeña gorrita. Cargaba una cruz sembrada de clavos, hacía cuatro horas de oraciones nocturnas, dormía en el suelo sobre puntas de acero. En cierta ocasión, tras un retiro extraordinario, cayó en éxtasis profundo y vio la aparición de Jesús que se sacó el corazón con las manos de la cavidad del pecho y se lo dió a besar; sin embargo, a pesar de todo ello, creía que el diablo, la seguía mortificando con golpes y otras maldades, cuando en realidad se trataba de mil alucinaciones producidas por su pésima alimentación, pues casi no comía. El Padre Gual había tenido que regresar a España dejándola encargada al Presbítero Manuel Santiago Medina Bañon que la siguió aconsejando sin darse cuenta que en realidad la estaba matando con tales mortificaciones extremas.

En Septiembre de 1.869 tuvo fiebres altas y en medio de ellas un delirio o revelación, profetizando que moriría pronto, lo cual no era ninguna novedad dada su postración física. Parecía una anciana aunque no tenía ni 37 años. "El día de la Concepción voy a comulgar con una bata blanca, a la romana, como la que llevaba aquella virgen del altar".

A principios del mes de Diciembre recayó con fiebre y la madrugada del miércoles 8 -día de la Concepción de María- murió en su celda en gran pobreza. Parece que su última enfermedad fue una infección ya que sus defensas orgánicas estaban bajísimas por la inanición y agotamiento, sin que se conozca la hora exacta pues cuando la Veladora del Convento visitó su celda, ya estaba muerta.

El entierro se efectuó tres días después, Sábado 11, en medio de la expectación de toda Lima y con asistencia de las autoridades. La noticia llegó por el cable a Guayaquil. Angel Tola y Espantoso publicó "Rasgos biográficos de la Sierva de Dios Narcisa de Jesús Martillo". En 1.926 el Arzobispo de Lima, Emilio Lissón, envió varios recuerdos de Narcisa al Museo Municipal de Guayaquil y su Director Modesto Chavez Franco le dedicó una de sus crónicas. Desde entonces se perennizó su memoria entre nosotros, pues ya se había desdibujado.

EI 30 de Abril de 1.955 su sobrino nieto Miguel Martillo Ronquillo trajo de Lima sus restos por las Aerolíneas Panamá. Primero estuvieron depositados quince días en la iglesia del Santísimo Sacramento en Pío Montúfar y Manabí, después pasaron a un pasadizo situado a un costado de la iglesia de los jesuítas de San José, expuestos a la veneración de los fieles. En 1.972 se realizó su traslado secreto a Nobol y el 83 le construyeron una cripta a pocos pasos.(3)

(3) Según recuerdos de Guillermo Guerrero Pilay, chofer que manejó el vehículo donde se trasladaron los parientes de Narcisa a Lima, al abrir su bóveda en el Beaterio del Patrocinio, encontraron lo siguiente: le quitamos las tablas y al abrir la caja -no obstante tener en ese entonces ochenta y cinco años de su fallecimiento- su cuerpo estaba intacto como dormida. Una mujer muy hermosa de tez blanca y con dos trenzas largas, su cabello color castaño claro. Le tomé la cabeza, Napoleón Burgos de los pies y Miguel Martillo de la cintura y la colocamos sobre un manto blanco en el piso y posteriormente en otro cofre. Medio cuerpo de la niña Narcisa desapareció desde las rodillas hasta los hombros. Las religiosas cogieron la carcoma de la caja y dijeron que la tomaban como reliquia. Dentro del cofre encontraron un pedazo de tela, un collar y un rosario que fueron tomados y llevados por los familiares. Como había que hacer unos trámites en Guayaquil los familiares regresaron al Ecuador para cumplirlos. De este relato se infiere que el clima seco de Lima había mantenido el cuerpo de Narcisa, que al ser movido se destruyó por lo que actualmente solo se exhibe en Nobol una mascarilla de cera y algunos huesos del esqueleto unidos para aparentar un cuerpo.
En 1.958 el Padre Luis Mancero Villagómez S.J. editó su vida, después han aparecido otras biografías como las de Miguel Martillo Ronquillo y las de los Padres Hugo Vásquez Almazán y Roberto Pazmiño Guzmán. El arzobispo de Guayaquil, Bernardino Echeverría Ruiz también fue autor de una pequeña obra "Apunte y documentos sobre el traslado de los restos de Narcisa de Guayaquil a Nobol". Su Causa se halla muy avanzada en Roma, a pesar que no existe un solo documento que acredite su existencia ni la Fe de Bautizo, ni contratos, ni cartas... Nada, solamente su Partida de Defunción en Lima y la biografía de Tola publicada a poco de su muerte, indican su existencia.