La biografía oficial agrega que cuando las fuerzas de ocupación alemanas cerraron la Universidad, en septiembre de 1939, el joven Karol tuvo que trabajar en una cantera y luego en una fábrica química (Solvay), para ganarse la vida y evitar que fuera deportado a Alemania. Fichado por la Gestapo, se refugió en una buhardilla de Cracovia.

En esa época conoció al célebre actor Mieczyslaw Koltarszyk, creador del teatro Rapsódico, y Wojtyla se unió a su grupo, con el que interpretó papeles de contenido patriótico.

También participó en la resistencia contra Alemania para ayudar a salvar a familias judías. Posteriormente, la situación de Wojtyla se complicó en Polonia y se vio obligado a buscar refugio en los subterráneos del arzobispado de Cracovia.

En 1942 ingresó en el seminario clandestino que había fundado monseñor Sapieha, cardenal arzobispo de Cracovia, y comenzó la carrera de Teología.

El primero de noviembre de 1946 cantó misa en la capilla privada de Sapieha.

Poco después se trasladó a Roma para asistir a los cursos de la Facultad de Filosofía del Pontificio Ateneo "Angelicum", obteniendo el doctorado en Teología con la tesis "El acto de Fe en la doctrina de San Juan de la Cruz".

En 1948 regresó a Polonia y ejerció su primer ministerio pastoral como vicario coadjutor de la parroquia de Niegowic, en los alrededores de Cracovia, durante trece meses.

En noviembre de ese mismo año obtuvo la habilitación para ejercer la docencia en la Facultad de Teología de la Universidad Jagellonica.

El 17 de agosto de 1949 se trasladó como vicario a la parroquia de San Florián, en Cracovia, donde ejerció el ministerio durante dos años, alternándolo con su trabajo de consejero de los estudiantes y graduados de la Universidad estatal de esa ciudad.

Nombrado profesor de Teología Moral y Etica Social del seminario metropolitano de Cracovia, el primero de octubre de 1953, comenzó en 1954 a impartir clases de Etica en la Facultad de Filosofía de la Universidad Católica de Lublín, en la que dos años después fue nombrado director de la Cátedra de Etica.

El 4 de julio de 1958, a los 38 años, Pío XII le nombró obispo auxiliar de la archidiócesis de Cracovia, bajo el administrador apostólico, arzobispo Baziak.