Hace algunos años atras se han encontrado manuscritos cerca del Mar Muerto con predicciones respectivas a los humanos y que ciertas personas se adueñaron de ellos con el fin de convertir a la raza humana en un individuo unico equivalente a un dios. Para llevar a cabo su plan deben seguir las instrucciones de los manuscritos que decian como primer paso que si despertaban al ser gigante que caeria en el polo sur cerca del año 2000 este daria la forma de embrion y tardarian el ataque de otros seres unos 15 años...

Años atras en Hakone (Japon) se habia encontrado bajo tierra un lugar de forma circular y dentro de el se encontraba un ser gigante al que guiandose de los manuscritos encontrados llamaron Lilith y lo calificaron como el segundo angel, segun decian los pergaminos ese ser habia creado a los humanos. Lilith era necesario para completar el plan de los hombres que se habian adueñado de los manuscritos, llamaron al proyecto "plan de complemantacion humana" y estos, que eran 12 hombres, crearon su organizacion llamada "SEELE" dedicada a este fin.
En los pergaminos decia que existian 18 angeles y se nececitarian los 18 para realizar su proyecto , el ya mencionado Plan de complementacion humana.
En el Año 2000 , SEELE siguiendo las predicciones de los manuscritos envia 2 dias antes una expedicion de cientificos al polo sur,liderada por el Doctor Katsuragi.

Los pergaminos decian que si cierta lanza encontrada cerca del Mar Muerto (llamada Lanza de Longinus) hacia contacto fisico con la fuente de energia del ser que caeria en el 2000 el gigante se reduciria al tamaño de embrion y este hecho retrasaria la llegada de los otros ángeles que irian cayendo desde el cosmos. Solo que el despertar del gigante causaria una terrible explosion cosa que SEELE ocultó para cumplir su plan. A lo cual SEELE tuvo que trasladar la lanza hasta el Polo sur en donde se encontraba el angel.

Llegado el 13 de septiembre y hallado al gigante por los cientificos (llamado ADAM y calificado como el primer angel) se debia realizar el experimento, la version del Dr.Katsuragi decia que si la lanza hacia contacto con la fuente de energia el gigante obtendria vida eterna careciendo de cualquier combustible cosa que no paso, durante el experimento el despertar de ADAM causo una tremenda explosion matando a los cientificos enviados por SEELE , derritiendo gran parte del hielo aumentando el nivel del mar y desapareciendo la 3/4 partes de los humanos. ADAN quedaria reducido al tamaño de un embrion y el objetivo del experimento fue satisfactorio para SEELE.

En el año 1999 SEELE contrataria a Gendo Rokubungi para realizar sus respectivos planes el cual se casaria con una brillante estudiante de Ciencias llamada Yui Ikari cambiando ,Gendo, su apellido por el de su esposa llamandose Gendo Ikari.

SEELE llegando a un acuerdo con las Naciones Unidas logra hacer publicamente la noticia de que la explosion que sucedio el año 2000 fue a causa de la colision de un meteorito ocultando la version oficial, dándole el nombre de SEGUNDO IMPACTO.

Ya en el 2003 En Hakone SEELE Crea la Organizacion llamada GEHIRN destinada a detener el ataque de los angeles restantes ,para eso construirian los EVANGELIONS,clones de ADAM ,el plan se daria a llamar "Proyecto E.". Al mando de la organizacion se encontraba Gendo Ikari con la Dra. Naoko Akagi diseñando el Super-ordenador Biologico MAGI para controlar la parte tecnologica de dicha organizacion.Encima de GEHIRN se empezaba a construir la tercera ciudad de TOKYO que se llamo TOKYO-3.

En el año 2004 se empiezan aterminar las unidades EVANGELIONS y la encargada de realizar las pruebas de sincronizacion es Yui Ikari pero durante el proceso el segundo prototipo absorbe el alma de Yui tras alcanzar el 400% de sincronizacion.Gendo tras la muerte de su esposa desapareceria una semana de la organizacion pero con su vuelta traería nuevos proyectos ,el llamado "plan de complemantacion humana" tras una reunion con SEELE.
Ya en el 2008 se terminaria en Superordenador biologico MAGI por la Dra. Noako Akagi aplicandoselo a la nueva sala de controles y su hija Ritsuko obtendria un puesto en GEHIRN para trabajar en el "Proyecto E."

En el año 2010 la Dra.Akagi al tratar de asesinar a la primer piloto se suicidaria en la misma sala de controles. Ese mismo dia SEELE al mando de KEEL LORENTZ desmantelo la Organizacion de Investigacion GEHIRN y creó la Organizacion Especial NERV para continuar con todos sus planes.

En el 2015 apareceria el Tercer Angel y empezaria la excelente y compleja trama...
Año 2015 Quince años después de la catástrofe. Tokio-3, una nueva ciudad reconstruida en el área de Hokone, en el interior de Japón,sustituye a la antigua ciudad de "Tokio" que quedo total mente sumergida tras el Second Impact. Súbitamente aparece un extraño y gigantesco ser. Sus intenciones y orígenes son completamente desconocidos y su poder parece ilimitado. Todo el país esta amenazado por este monstruo que parece imparable.
Pero entonces hace su entrada una organización secreta llamada. NERV. Dirigida por el sombrío y misterioso Gendou Ikari, NERV dispone de un prototipo de arma secreta capaz de enfrentarse a este ser al que todos llaman Angel. Dicha arma son las unidades Evangelion un tipo de gigantesco robot humanoide construido con las más avanzadas técnicas de bioingeniería genética y mecánica.

Pero existe un problema la unidad Evangelion sólo puede ser pilotada por niños de catorce años y de unas características muy determinadas. Y para hacer frente al ángel hace falta un piloto. El elegido es Shinji Ikari, de catorce años, el propio hijo de Gendou; un chico deprimido y solitario al que cualquier cosa apetecería más que subirse a un robot gigante para enfrentarse al monstruo. El primer gran conflicto de una larga serie de revelaciones a niveles externos e internos esta apunto de desatarse. y no sera el último.

Así comienza un de esas series que marcan época que antes de que terminen de emitirse en Tv ya son clásicos y que han causado primero en Japón y luego el resto del mundo(Aunque en menor escala)un auténtico fenómeno social como hacia años no se veía. Puede decirse que Neon Genesis Evangelion es sin lugar a dudas una de las series de anime más populares de la década de los noventa.