Mística Ciudad de Dios
La historia jamáz contada
La obra cumbre escrita por la Venerable Madre de Ágreda, es una amplia bigrafía histórico-teológico de la Virgen María, titulada "Mística Ciudad de Dios"
La redacta por primera vez por mandato de la misma Virgen, entre los años 1637 & 1643. En ausencia de su confesor ordinario, la entrega a las llamas, por obediencia a otro religioso anciano, sustituto, que no veía bién que las mujeres escribieran libros de ese género.
Recibe nuevo mandato del cielo de redactar la divina historia; & con la misma ejemplar obediencia, la compone por segunda vez, entre 1655 & 1660.
Se publica en 1670, es traducida a doce idiomas, alcanzando mas de doscientas ediciones, & se pide hoy con avidéz. Los buenos conocedores de la obra se han hecho & se hacen lengüas de sus exelencias; unos por su doctrina espiritual, otros por su buén decir en lengüa castellana. En 1726, la Academia de la Lengüa incluiría a la Venerable en la primera edición del Diccionario de Autoridades.
Por esta obra inmortal alcanzó también, junto a tantas adehesiones, no pequeñas contrariedades & fobias incríbles... El tribunal de la Inqusición española declara su embargo, pero, después de dieciseis años de riguroso examen, dicta sentencia favorable. La inquisición romana pone en el índice de libros prohibidos (1681), hasta que, por un decreto del Papa Inocencio XI, se manda su sobreseimiento.
El Papa Clemente XI declaró libre de censura su lectura. Desde entonces, innumerables almas han saciado & sacian en la actualidad, su sed de sólida doctrina espiritual, en las páginas de la gran Obra Mariana de la mística doctora de Ágreda.
Además de su inmortal Mística Ciudad de Dios, escribe otras varias obras de caracter ascético-místico. como: "Escala Espiritual, Primeras y Segundas Leyes de Esposa, Ejercicio Cotidiano para ocupar bién las horas del día, Ejercicios Espirituales de Retiro.
Están por desgracia inéditas: "Las Sabatinas o cuentas de conciencia, Jardín Espiritual, Nivel del Alma etc..."

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"El cuerpo incorrupto"
Al morir su confesor, el P. Andrés de la Torre (1647) le sucede el P. Andrés de Fuenmayor. Y antes de iniciar esta nueva dirección, hace una confesión general, que le preparará para comenzar un nuevo modo de vida espiritual. En el que sigue tres misteriosos noviciados: de imitación de la Virgen, de Cristo & de la Santísima Trinidad, con sus respectivas profesiones. La vida de la Madre de Ágreda adquerirá con ello una sublimidad de paraiso. El día de Pentecostés, 24 de mayo de 1665 muere en su monasterio de Ágreda, en presencia del General de la Orden, P Alonso Salizanes y el provincial Ximenes Samaniego. Su cuerpo incorrupto ha sido objeto de catorce reconocimentos oficiales.
Beatificación de Sor María de Jesús de María de Ágreda